Tahun 2001 dengan Undang-Undang Republik Indonesia Nomor 7 tahun 2001 tanggal 21 Juni 2001 Lubuklinggau statusnya ditingkatkan menjadi Kota. Pada tanggal 17 Oktober 2001 Kota Lubuklinggau diresmikan menjadi Daerah Otonom. untuk Terlaksana nya Otonomi daerah yang menyelenggarakan pelayanan bidang kesehatan maka dibentuklah Struktur organisasi yaitu Dinas Kesehatan yang dipimpin oleh seorang Kepala Dinas yang berkedudukan dibawah dan bertanggung jawab kepada Walikota melalui Sekertaris Daerah setelah melewati beberapa tahap maka diterbitkanlah Peraturan Walikota pada dinas Kesehatan Kota lubuklinggau , Adapun saat ini Perwal sudah beberapa kali mengalami revisi dan perwal terakhir dibuat Tahun 2019 nomor 15 tentang pembentukan susunan oraganisasi, tugas dan fungsi serta tata kerja unit pelaksana teknis pusat kesehatan masyarakat pada Dinas Kesahatan Kota lubuklinggau.
Pimpinan tertinggi dilembaga Dinas Kesehatan Kota Lubuklinggau dijabat seorang Kepala Dinas yang mengemban tugas memimpin, mengawasi, membina dan melasanakan koordinasi serta serta dibidang kesehatan, sedangkan sekertariat memiliki tugas mengkoordinasi urusan kesekertariatan lainnya untuk menunjang tugas pokok seluruh organisasi dilingkungan dinas kesehatan dan membawahkan Sub Bagian Program, Informasi dan Masyarakat, Sub Bagian Keuangan dan Pengelolaan Aset, Sub Bagian Hukum, Kepegawaian dan Umum. Selanjutnya terdapat tiga yaitu, Bidang Kesehatan Masyarakat, Bidang Pencegahan dan Pengendalian Penyakit dan Bidang Pelayanan dan Sumber Daya Kesehatan yang masing-masing bidang membawahkan Seksi-seksi. Kemudian terdapat UPTD dan Kelompok Jabatan Fungsional .
Dalam menjalankan tugasnya dinas berfungsi memimpin, mengendalikan, dan mengkoordinasikan penyelenggaraan urusan pemerintahan dan pelayanan umum yang menjadi kewenangan Dinas pada bidang Kesehatan yang meliputi pelayanan kesehatan, pengendalian masalah kesehatan, pengembangan sumber daya manusia kesehatan serta jaminan, akreditasi dan perbekalan kesehatan.